但神奇的是，皮卡丘体内的能量竟然与晚夜陨石的能量相符，皮卡丘因此能和晚夜陨石的力量产生共鸣，并感知到晚夜陨石的能量即将失控并且摧毁合众地区。
听到这话，小智万分焦急，必须赶在陨石的能量失控前把陨石摧毁。
而陨石溢出的能量越来越强，并开始波及到飞云市，陨石能量爆发，热辐射席卷飞云市，摧毁了飞云市大量的建筑物。
火箭队和等离子队也开始察觉到事态不妙，最终火箭队和等离子队也得知陨石失控会导致合众地区的毁灭，认为这种力量并不受控，
坂木在得知陨石能量不可控后，认为其不适合用作火箭队称霸世界的能源，直接宣布放弃争夺陨石的计划，火箭队全体返回关都地区。
魁奇思也因为陨石的能量不可控，认为这股力量不适合成为英雄的力量，因此也命令手下放弃陨石离场，
坂木和魁奇思两人直接表明不再需要陨石，双方的手下都迅速停火，默契地撤离。
但是，周围那几千架直升机又岂会让他们如愿。
毕竟这一次三大组织的人马联合出动，光经费都不知道花了多少，怎么可能让这些反派人员轻易逃跑。
最终，火箭队和等离子队加起来的几百上千名队员全部被捕获，仅有富林多等少量火箭队队员和等离子队队员逃离。
而另一边，小智的皮卡丘因为和陨石力量共鸣，使出惊天超强十万伏特，其强大威力相当于三十发超极巨万雷轰顶。
在陨石完全失控前成功把陨石摧毁，至此，事件告一段落。
事件解决后，共鸣解除，皮卡丘的力量也恢复了正常。
抓获的火箭队队员和等离子队队员们都被一一押走，
那块从博物馆里被偷出来的陨石碎片也被红豆杉博士重新送回七宝市博物馆，事件正式完结。
被皮卡丘击碎的是火箭队在古代城里找到的最大的晚夜陨石碎片，送回七宝博物馆的是原本就放在博物馆里展览的小块的晚夜陨石碎片。
至此，小智在合众地区声名大噪，小智保护了合众地区，以一己之力对抗两大反派组织，为飞云市除掉贪污市长等等，这些事迹广为流传。
事情结束后，君莎小姐带着警员们押走了等离子队的队员，帅哥带着国际刑警们押走了火箭队队员，红豆杉博士则负责将陨石送回七宝博物馆去。
小智三人没有一起回去，小智已经跟亚堤联络过了，此次事件害得飞云市被破坏得不成样子，需要时间修缮，
所以三人就决定在荒野名胜区这里逗留几天再回去，说不定还能找到几只稀有的宝可梦呢。
看着手机上推送的新闻，三人来到了荒野名胜区里的巨神遗迹这里。
据说这是一处新被发现的地下遗迹，有着很多的谜团，
小智敢断定，这个巨神的身份一定是宝可梦。
越过滚烫的沙漠地带，总算是来到巨神遗迹的门口。
这里竖着六根柱子，每根柱子上都有一只达摩模式状态下的达摩狒狒，看起来就像六颗石蛋一样。
正当小智不以为意打算进入遗迹的时候，其中一颗达摩狒狒竟然瞬间便跳起来化身一般模式，嘴里吐出火焰，朝着企图闯进遗迹的小智就是一发过热。
在确认斗子和鸣依都没有想要收服达摩狒狒的意思之后，小智抬手一发波导弹将过热的火焰轻松击溃并且将这只达摩狒狒击飞。
见此情形，剩下的五只达摩狒狒根本就动也不敢动，十分默契地选择了从心。
小智也很疑惑，按理说遗迹门口的这几只达摩狒狒是要给它们使用愤怒馒头才会醒来的啊，怎么会这样呢？
愤怒馒头可是城都地区的卡吉镇的特产，全世界闻名，售价低达300至1000日元呢。
管不了这么多，小智带着两女直接往遗迹里走，才进去就踩到一个类似于金属的东西，紧接着则是一声惨叫。
小智急忙抬起脚，发现那哪是什么金属啊，是一只野生的螺钉地鼠。
“系统，查看螺钉地鼠的资料。”
“叮！”
【名称：螺钉地鼠
属性：地面
太晶属性：地面
种类：鼹鼠宝可梦
等级：30
性别：雄
图鉴编号：529
特性：泼沙（沙暴天气下，速度翻倍）
性格：固执（加物攻减特攻）
技能：岩崩，撕裂爪，金属爪，掷泥
道具：无】
螺钉地鼠将双掌上的爪子并拢，并让身体高速旋转的话就会以迅猛的速度在地里前进。
地中行进时速为50公里以上，可以和地上奔驰的汽车有的一拼。
它会用爪子在地底挖掘前进，一些农民因为担心它会因此糟蹋蔬菜而讨厌它。
“卧槽，这不是螺钉地鼠吗，皮卡丘，使出铁尾。”
见到这意外之喜，小智激动得立马派出皮卡丘，一发铁尾正面命中还在顾着手被踩得痛到不行的螺钉地鼠的头，将其敲晕。
小智趁机丢出精灵球，将螺钉地鼠收进去，摇晃三下，成功收服。
“很好，我收服到螺钉地鼠了。”
“皮皮卡丘。”
话音刚落，一阵掌声传来，一个身着考古服装的女生带着一只飘在空中的玛沙那走过来开口道，
“真是敏捷的身手啊，我们是为了揭开巨神的真面目而来的，
你们也是来探索巨神遗迹的吗？
怎么没带什么装备啊，小看遗迹可不行哦，
自我介绍一下，我叫做琪菈，是一名宝可梦巡护员，平时都在这附近工作，
有谜团和冒险的地方，就有我和玛沙那。”
闻言，小智有些惊讶，看样子还以为这女生是个考古学家呢，没想到竟然是一位宝可梦巡护员。
“你好，我是真新镇的小智，她们两位是跟我一起旅行的同伴，斗子和鸣依。”
“小智！难道你就是pIA组织的那位小智检察官！”
“对啊。”
“真的！我是你的超级大粉丝啊，能给我签个名吗。”
“没问题。”