第二日一早，杨广便下诏，将辽东新平之地设置为辽东郡，至于原辽东郡则改名为玄菟郡。设辽州总管府，统辖辽东郡、玄菟郡、燕郡三郡军事。
杨广没有留下李景镇守辽东，在他看来，虽然李景资历更高，但也容易在辽东割据。而且将李景留在辽东，等到黄明远回来之后，反而容易与黄明远争权。
杨广以黄明祯为检校右御卫大将军，辽州总管，镇守辽东之地，表示了对黄明远的充分信任。而黄明祯年轻，威望不足，也很难在辽东进行割据。
杨广又以观王杨德雄三子通事舍人杨续为燕郡太守，以崔弘升的五弟左监门郎将崔弘寿为玄菟郡太守，迁达奚暠为辽东郡太守。杨续、崔弘寿三人不是皇亲国戚，就是功勋之后，如此安排既保证了三郡的政令通达，又使得三人因为身份，不可能叛乱。
又设副总管一名，以杨广昔日旧将史祥担任。
史祥昔日是杨广心腹，只是后来为杨广所厌恶，只担任左骁卫将军，比隋文帝时还低。及辽东之役，史祥奉命出蹋顿道，不利而还，由是除名为民。这一次若不是走通了虞世基的路子，还不能复职。
不过辽东之兵，尽是黄明远所统帅，史祥在黄明祯这里，也就只剩下一个资格老了。
辽州总管府特设与幽州同级，因此置四名虎贲郎将。黄明远倒是不藏私，以黄明溥、李进、刘黑闼、高聂四人任之，除了堂弟黄明溥，都是他丰州的旧部。现在利益争夺已经到了刺刀见红的时候，也顾不得其它了，辽东要保持稳定，势必要控制全部军队。
对于北面的胡人，杨广虽然并不在意，但还是听从了黄明远的建议。黄明远信誓旦旦，这种时候，自然得听。
因此以薛世雄调任代州总管，李景兼任平州总管，郑言庆继续担任丰州总管，王仁恭继续担任朔州总管，邓暠则继续担任营州总管。
其余随黄明远征讨辽东之人，也各有奖赏。虽然杨广很想赖了此事，但黄明远却言，若要平叛，还需要各军奋勇争先，此时切不可给杨玄感拉拢诸将军之机。
杨广只得同意。
五月十三日，黄明祯也赶到了辽东城。
他率四万主力奉命东进木底城，已经破之，兵锋直指国内城。后来黄明远急信，黄明祯这才赶紧撤回了木底城。
黄明祯所部一路东进，直到木底城下。木底城守军根本没有防备姜以式败的这么快，且城中兵力也没有多少，因此不备之下，被黄明祯所趁，抢占了城池。
占领木底城之后，黄明祯乃继续向东，剑指国内城。
国内城是高句丽迁都平壤之前的都城，为都城四百多年。其与高句丽第一个都城纥升骨城（今辽宁桓仁县五女山城）、尉那岩城（后称丸都城），相互依托，共同组成高句丽的国内城防线。
这里也是高句丽首相渊太祚的老巢，渊太祚在此统御高句丽的北方部落，并与高元分庭抗礼。
此时从木底城通往国内城的道路有两条，一条是北道，地形平阔；一条是南道，地势险要狭窄。此时隋军人马、装备众多，众人都想走北道。
黄明祯对众人说道：“木底城失陷的消息瞒不了多久，渊太祚肯定会知晓我军东进一事。其据常情忖度，必定认为我军会走易行的北道，防御上肯定是重北而轻南。我军当以精兵由南道攻击，出其不意，直袭国内城，迫使渊太祚与我军决战。另外派遣偏师由北道进发，吸引高句丽人注意，即使遭受挫折，但他们的腹心已经溃败，四肢便无能为力。”
黄明祯乃以刘黑闼为先锋，亲率三万五千人从南道出击，又命蒙陈其率领五千人从北道出发，攻打国内城。
果不其然，渊太祚听到木底城失陷的消息之后，大吃一惊。闻听隋军前来，便亲自率领五万人马在北道迎战，又命其弟渊全净率领羸弱的士兵防备南道。
不出黄明祯所料，刘黑闼所部长驱直入，一路势如破竹，击破渊全净所部，攻打到国内城五十里外的地方。
渊太祚闻听消息之后大惊，马上回师救援国内城。
黄明祯趁机在渊太祚回援之路设下了埋伏，刘黑闼亲率骑兵先行冲击高句丽的战阵，所到之处高句丽军均遭挫败。高句丽的军阵骚动，隋军乘势攻击，高句丽军队大败。
此战渊太祚折损近万人，阵亡大将二十多人，狼狈逃回国内城。
隋军两路会师，乃进抵国内城下。
渊太祚一边向四周求援，一边撤往丸都山城。
国内城和丸都山城共同组成高句丽的前都城。原本的高句丽中枢系统平日里居于国内城，到了战时便迁往丸都山城。
丸都山城地形险峻，是沿山势走向构筑的城墙。渊太祚虽然兵败，但在丸都山城居高临下，又兵力充足，黄明祯始终不能破。
黄明祯围攻丸都山城二十多日不下，便下令收缴国内城府库中历代积累的财宝，又掳掠城中大批人口，并焚毁了高句丽的宫室。
但渊太祚眼看无动于衷。
黄明祯最终没有攻破丸都山城，在得到黄明远的信之后，他下令烧毁了国内城，便匆匆撤回了木底城。
黄明远不得不佩服自己这个弟弟，还真是人狠话不多啊。
黄明远乃与黄明祯详细谈了关于辽东的防务问题。其部除了平州军万人，还有十二万府兵和两万多高句丽降兵，相比较高句丽人的实力，压力很大。
黄明远告诉黄明祯会命黄明俊的海军北上来支援，而他的底线便是守住辽东城即可。
这一次平叛，黄明远也不知道何时才能返回辽东，因此更希望黄明祯能够巩固占领区域，清理高句丽各部的残余，稳定局势。
现在时局动荡，谁也说不清接下来会发生什么，辽东将会是黄家的一条后路了。
黄明远也准备抽调大量的人力、物力来经营辽东，前几年南洋的海贸、西域的丝绸之路等赚的钱，这一次便一口气砸到辽东了。