第三种传闻是张文祥“为地会复仇”。
传闻，张文祥曾经是湘军鲍超部下。鲍超是有名的湘军将领，其部号称“霆字营”，为湘军主力，不过军纪败坏，经常公然掠夺地方民众，号称“所过残灭如项羽”。张文祥加入霆字营后，由于作战勇猛，受到鲍超赏识，被提拔为新兵营哨官。当时湘军内部时兴结盟自保，不少人都是哥老会成员，霆字营也有哥老会组织，张文祥加入了哥老会，并成为一个头目。湘军后期，霆字营受哥老会煽动，在湖北金口闹饷，发生哗变。张文祥趁乱逃到目山，躲进一座寺庙里。刚好寺庙长老是地会首领，以出家饶身份做掩护，指挥山下的地会从事反清复明的活动。张文祥知道真相后，加入霖会。后来马新贻任浙江巡抚，在宁波、台州大肆“剿匪”，捕杀了不少地会成员。寺庙长老十分痛心，便委托张文祥杀马新贻为地会会友报仇。
这是第一个公然将刺马案与湘军联系起来的传闻，这是我认为比较靠谱的一个版本。
第四种传闻是“洋教”。
传闻，马新贻在上海与刀会作战时受了伤，在董家渡医院治疗时受洗加入了主教。他上任两江总督后，与法国主教江南教区的主教郎怀仁来往密切，关系极为特殊。安庆教案发生后，法国驻华公使罗淑亚到江宁同马新贻交涉，马新贻对罗淑亚极其友好，一切照法国饶要求办理。事后，马新贻与安徽巡抚英翰联衔发布告示，极力宣扬主教的善行，劝人维护外教，并勒石竖碑保卫主教。马新贻又派兵保护在江宁等地的主教堂。同治九年（1870），江宁发生反洋教活动，组织者是提督陈国瑞。陈国瑞还得到了江苏布政使梅启照的暗中支持，帮助印刷了大量宣传传教士残杀中国幼童的材料。马新贻知道后十分生气，派兵捉拿陈国瑞。陈国瑞逃离江宁，经扬州到津，参加了反洋教的活动，并得到了醇亲王奕的支持。津教案发生后，法国传教士及驻华公使公开以武力威胁，要求惩办陈国瑞，但由于醇亲王的庇护，被军机处敷衍过去。马新贻被刺杀后，传教士反应强烈，镇江城里的传教士还公然为他搞悼念活动。刚好张文祥供词中影养兵千日，用兵一时”的法，又因为如没有内线指引，张文祥根本就无法进入马新贻由校场回署的箭道，不可能在光化日之下、在刀枪林立之中，一刀杀了两江总督大人。于是，江宁城中又流传着是醇亲王奕和陈国瑞指使张文祥刺杀了马新贻。而更为离奇的是，陈国瑞后来被发往黑龙江齐齐哈尔当差，于光绪八年离奇死于黑龙江戍所，风传他是被人杀死。
曾国藩本人就是在津教案上栽了个大跟头，与洋人有关的一切都令他避之如虎。而醇亲王奕是恭亲王奕?亲弟，慈禧太后亲妹夫，正受太后力捧，广结八旗子弟，整顿神机营，隐有制约湘、淮两军的用意，是个绝对碰不得的人物。因此对于这个版本的故事，他不愿意相信，也不敢追查。
第五种传闻是“督抚不和”。
传闻，是江苏巡抚丁日昌花三千两银子买通张文祥，谋杀了马新贻。
江苏巡抚为两江总督下属，管辖苏州、松江、常州、镇江四府和太仓直隶州，驻在苏州。之前，太湖水师哨勇徐有得、刘步标陪同哨官王有明到苏州看病。当晚，徐有得、刘步标二人闲逛妓院，刚好遇到丁日昌族人都司丁炳、范贵等人。双方因为争夺一名美貌妓女起了冲突，打起架来。刚好苏州亲兵营游击薛荫榜带兵巡夜，将滋事的双方都抓了起来，各打四十军棍，以示警戒。偏偏徐有得很不服气，结果又被加打了四十军棍。这件事就此了结。
不料四后，徐有得伤重而死，事情一下子就闹大了。江苏巡抚丁日昌为了表示自己公正，主动上奏，自请议处。此时他还不知道当晚上在妓院参与打架的还有自己的儿子丁蕙蘅（时为候补道员）和侄子丁继祖，后来知道事情经过后，后悔莫及，但也无可奈何。
朝廷将案件交给了两江总督马新贻处理。马新贻接案后，倒也十分认真地秉公处理，但丁蕙蘅始终不肯来江宁投案，派人前去传唤，丁日昌则推托儿子夜里越墙逃匿，不知去向。而实际上，许多人亲眼见到丁蕙蘅在巡抚衙门进进出出，毫无顾忌。这期间，丁日昌多次向马新贻请托，希望他高抬贵手。马新贻认为丁蕙蘅拒不投案是故意藐视自己，又因丁日昌是曾国藩亲信，十分警惕，置之不理。就是从这个时候，“督抚不和”的故事开始广为流传。
由于丁蕙蘅拒不到案，此案拖了将近一年也无法结案。马新贻十分恼怒，决定强行结案，将丁炳、薛荫榜、丁蕙蘅、丁继祖等人都处以革职，并判出款一万两白银以安置死者。丁蕙蘅仗着父亲是江苏巡抚，坚持不肯归案，马新贻也有办法处理，上奏请交朝廷议处。
以上全部是真事。四十后，马新贻遇刺。最可疑的是，马新贻遇刺当的阅射，按照惯例总督和巡抚都要参加，但江苏巡抚丁日昌却并未到场。他已经在刺马案发生前夕自苏州赶赴津。
不过，丁日昌赶赴津却是奉旨所为。当时，曾国藩处理津教案不力，被全国上下痛骂，曾国藩感到难以支撑，便上奏请求另派大臣赴津协同办案。于是清廷选中了影洋务能员”之称的江苏巡抚丁日昌。六月二十八日，清廷下谕令命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案，因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴津。
奇怪的是，丁日昌接到谕令后，没有立即赶赴津，而是一直拖到七月十四日。当时，从苏州到达津需要十左右，也就是，丁日昌是在马新贻遇刺前十就离开了苏州，并且刚好在刺马案发生的前一——也就是七月二十五日到达了津。一下船，丁日昌便直奔直隶督署，与曾国藩密谈良久。正是在当，江宁大雨，马新贻阅射未能成校
第二，七月二十六日上午，身在江宁的马新贻被张文祥刺杀于回府衙的路上的时候，在津，曾国藩正赶去回访丁日昌，秘密交谈了近一。
第三下午，马新贻因伤势过重而死时，曾国藩正在午睡，还在日记中记录当时的心情是“心不能静”。丁日昌随后赶到直隶督署，二人又是一番密谈，直到深夜。
刺马案后，丁日昌一直滞留在津，直到朝廷让曾国藩回任两江总督的上谕到达。当时曾国藩处理津教案不当，“残民媚外”，备受中外抨击，回任两江总督能够将他从泥潭中拉出来，绝对是一件好事。但曾国藩与心腹反复商议后，决定以身体多病为理由，固辞两江总督。不料朝廷的态度十分坚决，有病也必须去两江。
此时，太常寺少卿王家璧上奏，直接指出总督马新贻被刺与江苏巡抚丁日昌有关，：“江苏巡抚丁日昌之子被案，应归马新贻查办，请托不行，致有此变。”还，“闻此言者非臣一人，臣所闻者亦非一人所言，其言时皆相顾叹息，及向根询，则皆畏累不敢尽言。臣思陕西僻在西隅已有所闻，江南必有确实公论，属吏或难兼采，京师相距较近，亦必有所传闻。”连京官都这么，可见“督抚不和”的传言流传很广，绝非一日之功。
丁日昌在马新贻遇刺前离开十分可疑。王家璧为此再次上奏：“此其尤着者，丁日昌本系矫饰倾险人，江南大官员甚多，此事不疑他人，而独指该抚之子，难保尽出无因。或其子妄为而该抚不知，抑或与知而乘其驶赴津，可以使人不疑，均难悬揣。”一针见血地指出丁日昌赶赴津是有意要避开嫌疑。
尽管丁日昌有种种证据，可以证实他确实因公事才离开两江，并非刻意制造不在刺杀马新贻现场的证明，但朝野上下沸沸扬扬，将怀疑的目光投向丁日昌的大有人在。流言蜚语满飞，丁日昌有一百张嘴也不清。尤其是他到达津后，奴相毕露，更加明目张胆地卖国求荣，比曾国藩有过之而无不及，以致被人称为“丁鬼子”。津人还四处张贴告示，揭露他在江苏巡抚位上种种贪污丑校
丁日昌看到时论的发展对他极为不利，急忙离开津，火速赶回苏州。回去后也是如坐针毡，见到曾国藩始终在京城磨磨蹭蹭不起程，实在按捺不住，上奏请求朝廷敦促两江总督曾国藩尽快到任。
丁日昌是湘军一系的人物，曾是曾国藩的幕府和亲信，他上奏的本意，自然是希望曾国藩来江宁主持刺马案，局面会对自己更加有利。不过这道奏折倒也十分合慈禧太后的心意，立即下旨督促曾国藩起程赴任。
就在丁日昌日夜忧叹的时候，其母突然去世，他需回广东老家丁母忧。朝廷下谕旨免去丁日昌江苏巡抚之职，调漕运总督张之万任江苏巡抚。此时，曾国藩正在回任两江总督的路上。
这一版本除了丁日昌是否刺马主谋尚待商榷外，其他均为真事，顺理成章，是唯一得到了朝廷官方讨论的法，看起来较为可信。尤其曾国藩先是推辞两江总督之位，不愿接手，之后又有意拖延，迟迟不到江宁，态度之暧昧，实在令人起疑。由此一来，“督抚不和”的故事更加蒙上了重重迷雾。
又有传闻，在马新贻被刺前几，江宁府衙门接到一封标明“紧急”、“机密”的公事。封套上还盖着大印，不过印文模糊，看不出来是哪个衙门所发。把门差役接到公事后，不敢怠慢，即刻送交外署的门房。门上接收后先登记在册，再送进位于内署的签押房——这里是马新贻日常办公的处所。马新贻打开公事一看，里面是一张纸，上面别无一字，只画了一匹死马。他醒悟过来后，立即派人赶出去追捕投送公事的人，但来人却已经不知去向。
日复一日，刺马案的头绪也越来越多，盘根错节，牵涉太广。仅以上五种传闻，就牵扯上了回王、湘军、地会、洋教士、陈国瑞、醇亲王以及丁日昌。
从曾国藩的角度看来，五种版本中，“渔色负友”和“私通回匪”如果是真的，将有损马新贻声誉，朝廷和马家人都不会满意，因此无须追查；如果是假的，当然更加不必追查。“为地会复仇”牵扯到了湘军，他也绝对不会追查。“洋教”牵扯到洋教士和醇亲王，情节更是复杂，讳莫如深；他曾国藩一生就败在教案上，沾了洋字的他都要退避三舍；醇亲王不仅是皇叔，还是慈禧太后的妹夫，当然更加动不得。至于“督抚不和”就更加微妙了，如果丁日昌是刺马主谋，那丁日昌为什么要在刺马前一赶到津？他曾国藩不是有极重的同谋嫌疑么？所以，此是最不能追查的。
而案子拖延不结，只会招致更多传闻物议。思来想去，曾国藩觉得还是之前张之万和魁玉的奏结最为妥当。在经过深思熟虑后，他决定不再追查，仍照张之万、魁玉奏报所拟罪名，比照谋反叛逆上奏。
关于刺马一案，张之万、魁玉、曾国藩、郑敦谨四位大员反复公开强调：“毫无确供。”既然没有准确的口供，为什么明知不应为而为之，一定要用一篇漏洞百出的口供给张文祥定罪呢？
之前慈禧太后对张之万和魁玉的奏结大加训斥，十分不满，等看到曾国藩几乎相同的奏结后，她终于明白了，刺马案不可能再弄清了，这口气必须得咽下去。她将不得不接受这一事实，以及稀里糊涂的审案结果。在慈禧太后的首肯下，朝廷终于发出了谕旨，正式肯定曾国藩、郑敦谨的奏结，以“张文祥潜通海盗图谋报复”定案。这份漏洞百出的奏结最终成为官方认可的定谳，现存于台北故宫博物院。
同治十年（1871）二月十五日，离马新贻刺杀的日期--清同治九年（1870）七月二十六日，整整过了半年之后，曾国藩奉旨监斩，在江宁营刑场将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。马新贻四弟马新佑为了增加张文祥的痛苦，定制了一把刀、一把钩，交给刽子手作行刑之用。凌迟重刑，数十年难得一见，有人只“扎岸”，有点脔割的意思就行了，有人要用“鱼鳞贡，一片片细牵而张文祥则是介乎其间，用定制的钩子紮住皮肉往上一拉，快刀割切，钩一下，割一下，自辰至未，方始完事。在残酷的处刑过程中，张文祥始终未出一言，视死如归，颇有英雄气概。他的名字却在史籍中被刻意改为“张汶祥”，“文”字加水，表示其江洋大盗的身份，有蔑视他的意思。
受到牵连的还有不少人。张文祥的儿子张长福时年十二岁，也受到牵连，被阉割后发往新疆为奴。其女张宝珍、张秀珍因许嫁已定，并不知情，各归本夫。督标中军副将喻吉三因疏于防护，被革去提督衔，降二级调用。把总唐得金等人均因失职罪名被斥革。
刺马案久审不能结案，刺客供词闪烁，主审官员含糊其辞，前后审案官员多达五十余人，每次奏结均疑点重重，无法自圆其。所以一时流言纷纷，各种传闻迭起，飞短流长，更使得案情扑朔迷离。当年袁世凯年仅十五岁，竟然也十分好奇地去向参与会审的嗣父袁保庆（本为袁世凯叔父，袁世凯被过继给他为子）探询。
本书收有关此案的两种。一是平江不肖生的《刺马详情》选自他的名着《江湖奇侠传》。据平江不肖生，他对本案的详情，是从郑敦谨的女婿口中所得。而郑敦谨的女婿，则在郑敦谨审问张文祥时，在屏风后面偷听到的。其真实程度如何，不得而知，但读来娓娓动听，合情合理。读者不仅可以借以知道刺马案的详情，还可同时知道火烧红莲寺的来龙去脉，真是一举两得。
另一种是佚名着《张文祥刺马》，所述与平江不肖生的大同异。