在鉴真东渡之前，日本的医药主要掌握在僧侣手里，没有专业的医师，医疗体制混乱落后。鉴真深通医药，熟练掌握佛教“五明学”的“医方明”（能治疗众生疾苦的医学）。他在传授戒律的同时，还教人们医药知识。日本人对有些药物不能分辨，根据淳仁天皇的旨意，失明的鉴真大师“以鼻别之，一无错失”。他逐步推动日本建立起自己的医药学体系，改变了医疗落后的状况，日本人称他为“医术之祖”。二三百年前，日本药店的药袋上都印着鉴真的头像。日本正仓院至今保存着唐朝的六十多种中药材，应该就是由鉴真带去的。
除此之外，鉴真东渡时还带去了王羲之、王献之的书法真品，掀起了皇室学习王右军书法的风潮，王书逐渐成为书道的主流。着名的唐招提寺的门额字体就是王右军书体。因此，日本书法的形成和发展也与鉴真有关。
鉴真在日十年，博爱为怀，乐善好施，严以律己，迁化引导，教人向善，体现了佛教慈悲济世、无私奉献的精神。天平宝字七年（公元763年）五月六日，鉴真安排好一切，在自己建造的唐招提寺内圆寂。
二战后，中日两国关系陷入低谷，友好往来中断，形成僵持的困难局面。20世纪60年代，两国佛教界的高僧大德们借助鉴真圆寂一千二百周年的大好时机，携手合作，共同举办了轰轰烈烈、规模巨大的纪念活动，有力推动了两国邦交正常化的进程。20世纪80年代，中日两国佛教界秉持“为了不忘历史，传承中日友谊”的理念，开展了唐招提寺鉴真大师像回国“探亲”活动。整个活动历时一个多月，大师像先后在扬州、北京巡展，直接参观群众达到50多万人。通过此次活动，将中日两国关系推向了一个新高潮。时任******的***为此还专门在《人民日报》上发表了《一件具有深远意义的盛事》的文章，盛赞：“在中日友好往来和文化交流的历史长河中，鉴真是一位做出了重大贡献、永远值得纪念的人物。”
鉴真在唐招提寺内圆寂后，日本经历了几百年的太平盛世，到了1180年之后，日本国内政治和经济形出现了比较混乱的状况和战争态势。给东大寺带来了毁灭性灾难。
东大寺早年的经济收入主要来源于天皇施封的五千户及数国的租税。随着收入的大幅度减少，为了补充财源，开始在大和(奈良)、伊贺(三重)、摄津(兵库、大阪交界处)、山城(京都)、北陆道等地经营庄园。管理、经营大伽蓝、庄园及物资运输都缺帮手，故而新增了许多僧人，被称为众徒、大众(后称僧兵)，并形成集团，在社会上势力很大。平安末期，东大寺与权力巨大的平家一门在经营庄园方面不断产生摩擦。
治承四年(1180)，源赖政奉命举兵，兴福寺、东大寺众徒与三井寺的众徒联手抗击，终被击败，东大寺大半毁于兵火，卢舍那大佛因大佛殿烧毁而大损。
战国时代的永禄十年(公元1567年)，发生三好、松永之乱，大佛殿再次被烧毁，卢舍那佛的头部、左手被烧落，上半身及莲华宝座受损严重。
由于东大寺各地庄园已归武士所有，堺(在大坂附近)和兵库港的关税也不能征收，经济陷入危机。
直至江户时代中期，卢舍那佛百余年间仍裸露在外，遭受风雨的侵蚀。在公庆上人奔走之下，元禄五年(公元1692年)大佛修复完工，举行了开眼供养大法会。法会规模宏大，并与万僧供养法会同时进行，持续达一月之久。当时参加的僧众二十余万人，结缘之人更是不计其数。宝永六年(1709)举行大佛殿落成法会。其后大佛殿虽经过明治、昭和时代的大修，规模趋小，但它仍是世界上最大的木结构建筑。
东大寺的建筑名胜以大佛殿(金堂)为中心。在中门与南大门之间有东、西七重塔;北有讲堂、三面僧房、食堂，西有戒坛院，西北是正仓院、转害门;东侧有二月堂、羂索院(法华堂)、开山堂等。寺域广阔，规模宏大。
在奈良时代的日本，《华严经》广受尊崇。除知识寺内有卢舍那大佛外，大安寺内也有依据《华严经》而作的数幅画像。天平十二年(公元740年)，大安寺新罗僧审祥受邀到金钟寺宣讲六十卷本《华严经》达三年之久。金钟寺是华严寺的前身，是日本最早宣讲《华严经》的寺院。
金钟寺是神龟五年(公元728年)为纪念未满周岁即夭折的皇太子基亲王而建。当时这座寺里常住僧仅9人，进行《华严经》讲座等教理研究，还举行十一面观音、千手观音等古密教信仰活动。天平十七年(公元745年)始建大佛，金钟寺被纳入东大寺大伽蓝。
羂索堂的本尊与十一面观音、千手观音一样，同属于密教的变化观音，从这一点上，可以看出继承了金钟寺时代以来的传统。羂索堂及羂索院之名，均缘于本尊。所以在这里进行宗教活动的人被称为“羂索堂众“，这种独特的称呼保持了相当长的时期。每年在位于法华堂北侧举行的修二会(取水节)，是以十一面观音为本尊，忏悔罪障，祈求天下太平、五谷丰登的法会。据最新的研究结果表明，它并不是国家明令进行的法会，而是以实忠和尚为首的羂索堂众表达信仰的一种方式。由于每年旧历三月在羂索堂举行“法华会“，所以法华堂又称三月堂。
二月堂之名缘于旧历二月举行的修二会。二月堂东北相传有由行基菩萨(公元668-749年，奈良时代高僧，致力于民间弘教及社会福利事业)创建的天地院，吉祥堂、如法院、千手堂点缀左右。
法华堂作为华严宗的根本道场，是东大寺诸堂中非常重要的殿宇。时至今日，东大寺在选拔学僧时，仍在这里进行“竖义研学“(口试)仪式。二月堂是有名的观音道场，不仅修二会期间，而且一年四季香客不断。这些传统都始于金钟寺时代。