第四天凌晨，休息了两个时辰的成吉思汗起来查看军情，城内街道上到处是花剌子模人的尸体，城门口的尸体更是堆积如山，城墙至城中心的房屋全部被摧毁，大火还在向城市中心蔓延，整个哥疾宁城犹如一座人间地狱。
吃了早饭后，成吉思汗率领蒙古骑兵向城市中心的哥疾宁城官邸进攻。
蒙古骑兵进入城内，如入无人之境。但是快到城市中心时，这里的房屋还完好无损，成吉思汗命令全军放慢速度、提高警惕，防止敌军和百姓偷袭。
这些房屋里似乎躲着很多人在里面，但是没人敢出来阻止蒙古骑兵。蒙古骑兵很顺利的来到哥疾宁城官邸。
而此时的阿黑剌黑正率领十余万花剌子模士兵龟缩在官邸内，他先让士兵把官邸内的假山全部搬到门口。然后让弓箭手躲在城墙里面，只要蒙古骑兵翻墙就放箭射杀。
成吉思汗在侍卫的保护下骑马围着哥疾宁城官邸走了一圈。这座官邸修的就像花剌子模王宫一样大，成吉思汗足足走了一刻钟才走完，而且官邸城墙高大，足有三丈高，和哥疾宁城墙几乎一样高。
成吉思汗对身边的侍卫说，去城墙上传我的命令，调一百辆放弩车、一百辆抛石车、一百辆攻城云梯到这里来。
侍卫领命而去。
成吉思汗又对身边的将领说，将士们辛苦了，传我的命令，除郭宝玉万人队守住哥疾宁官邸外，其余四支万人队，到四个方向的房屋去，把躲在里面的人找出来，妇女任你们奸淫，财物任你们抢掠，然后把他们全部杀死，晚上日落之前全部回到这里。
窝阔台、博栾台、纳图儿、兀鲁兀台领命而去。
到了晚上日落时分，四万余蒙古骑兵在杀死十几万百姓、奸淫数万妇女、抢劫无数财物后，心满意足、陆陆续续回到哥疾宁城官邸处。
成吉思汗命令全军围着哥疾宁城官邸扎下帐篷，生火做饭，然后放出哨探，轮流休息。
第五天凌晨，成吉思汗命令重兵器车兵开始操作重兵器车朝哥疾宁官邸内放火箭、抛石块。
瞬间哥疾宁城燃起熊熊大火，里面传出阵阵鬼哭狼嚎之声，花剌子模士兵死伤无数。
阿黑剌黑躲在官邸最深处，他没有想到自己的“苏丹”梦仅仅五天就破灭了，只得不断的向真主祈祷，这是天要毁灭我和哥疾宁城吗？真主啊，求您救救我们吧！
这时阿黑剌黑的副将阿匝木灭里冲进来说，阿黑剌黑将军，官邸到处都烧着了，房屋也砸毁的差不多了，我们还是赶紧突围吧。
阿黑剌黑喃喃的说，突围？能突围的出去吗？
阿匝木灭里说，躲在这里只有死路一条，突围或许还有一线生机。
阿黑剌黑说，我们还有多少士兵？
阿匝木灭里说，幸好我们之前修建了很多防御工事，很多士兵躲在里面得以活命，现在活着的、能战斗的，大约五万来人。
阿黑剌黑没想到还剩有这么多士兵，于是转忧为喜说，那好吧，让他们把剩下的食物全部吃了，今天晚上三更时分开始突围。
到了三更时分，阿黑剌黑、阿匝木灭里率领五万士兵，悄悄搬开堵在城门的假山，然后在城门打开的一瞬间，五万士兵一起往外冲。
蒙古骑兵辛苦、放纵了一天，正在帐篷里呼呼大睡。好在成吉思汗注重哨探警戒，当晚安排郭宝玉万人队和少量重兵器车兵负责哨探。
当花剌子模士兵冲出来后，郭宝玉万人队快速反应，一边鸣锣示警，一边和花剌子模英勇搏斗。其他蒙古骑兵也赶快起来，加入到和花剌子模士兵之中的战斗。
阿黑剌黑本以为可以趁蒙古骑兵还在睡觉，想杀死一些蒙古骑兵再行突围，不想蒙古骑兵那么快就反应过来，反而把他们包围起来，阿黑剌黑只得率军继续突围。
可惜此时花剌子模士兵虽有五万，但几乎全部是步兵，只有阿黑剌黑、阿匝木灭里的侍卫队大约有一千人有战马。
花剌子模士兵在突围的过程中不断被蒙古骑兵斩杀，只有阿黑剌黑等一千人马突出重围。
阿黑剌黑等人好不容易冲到南门，但南门早已封死，等待他们的却是蒙古大军的放弩车。蒙古放弩车持续向阿黑剌黑等人发射火箭，直到蒙古骑兵追了上来才停止发射。此时阿黑剌黑侍卫队已经死伤无数。蒙古骑兵围着他们一阵剿杀，很快把他们全部杀死了。阿黑剌黑和阿匝木灭里也是身中数刀，当场毙命。
阿黑剌黑这个花剌子模南部地区和哥疾宁城最高长官，就这样可耻的死掉了。南部地区本来有大片的土地、三百余万人口，完全可能抵挡蒙古大军，但是因为阿黑剌黑的一己之私，图谋政变，赶走花剌子模新苏丹扎兰丁，使得蒙古大军可以趁虚而入。
扎兰丁本来想依据花剌子模南部地区抗击蒙古大军、恢复河山的希望也彻底破灭了。
第六天，蒙古大军全面占领哥疾宁城。之后连续三天剿杀城内百姓、抢掠粮食物资，城内守军和百姓大约一百万人，除了很少一部分逃出城外，全部被蒙古骑兵杀死，府库和百姓家里储备的粮食物资也全部被抢劫一空。
随后蒙古大军退出城外，驻扎于哥疾宁城附近，成吉思汗一边派出若干支小部队去征服花剌子模南部地区其它城池，一边派出哨探打听扎兰丁的下落。