联合国在1978年协助马来西亚在登嘉楼比农岛兴建第一座越南难民营，这座难民营可以容纳25,000名难民。之后马来西亚还在登雅岛、大岛、哥打峇鲁、关丹、沙巴和砂拉越设立多座难民营，并在吉隆坡新街场设立中转中心，该中心于1982年启用，获西方国家收留的难民需在此处等候离开。1981年至1983年期间，马来西亚接收的难民人数起起伏伏，往后三年间，马来西亚接受的难民大幅减少。1987年，抵达马来西亚或邻近国家的难民人数突然上升；当年东南亚国家联盟（东盟）举行峰会，成员国谴责越南在处理难民问题这方面做得不充分。
马来西亚和越南在1988年8月签订自愿遣返协议，容许不获西方国家收容的越南难民按照自己的意愿返回越南。越南政府曾数次派团前往马来西亚，到难民营向难民进行讲解，不过从1988年至1989年期间，根据协议完成登记，返回越南的人士不足40人，所以外界认为这份协议并不成功。1989年3月14日是马来西亚收容难民的最后期限，所有在当日之前登陆的越南难民自动视为难民，当日以后登陆的越南难民则需进行甄别，评估他们是否符合难民资格。甄别政策是联合国难民署在1988年6月提出的建议，按此难民登陆后必须接受背景审查，判断他们是否符合难民资格，得到西方国家的收容。在期限届满后10个月内，马来西亚收容了9,000名难民，其中4,000人被送往西方国家；同期登陆大马的难民共有11,000人。
之后马来西亚收紧政策，规定越南难民如要入境，则需符合难民资格，结果促使部分难民选择自愿返国；大马政府在1989年遣送1,000至2,000名越南难民回国。联合国难民署曾向这些难民发放津贴，每月一次，为期一年。进入1990年代初，越南经济开始录得增长，抵达马来西亚的越南难民人数也因而下降。经过马、越两国与联合国难民署之间的合作，马来西亚得以在1991年11月关闭比农岛难民营，减少当地的越南难民人数。在1994年参加自愿遣返计划的难民共有3,000人，令马来西亚收容的难民人数减少到6,000人。大部分留下来的难民都无法通过联合国难民署进行的甄别程序，列为非法移民，不过这群人大都不愿意返回越南，结果他们在1995年马来西亚政府决定关闭新街场难民营的时候发动示威、暴动。后来新街场难民营在1996年6月关闭，而最后一批难民也在2005年返回越南。
越南在1988年宣布从柬埔寨撤兵，马越关系也在同时开始恢复。两国政府高层在1990年代初多次互访，举行多次双边峰会，签订多项倡议经济合作、经济建设的协议。马来西亚驻胡志明市领事处在1991年1月开馆，由此也可以看出两国关系的改善。两国经济关系日益密切之际，越南在1994年表示有意加入东南亚国家联盟（东盟），并于1995年加入东盟，得到马来西亚的支持和热烈欢迎。
1990年代马越关系的特征是双边贸易和经济合作的推展；自2000年起，两国也开始在其他领域合作。当年越南和马来西亚签订协议，促进两国执法机关合作，打击跨国贩毒活动。两国又于2004年签订综合合作协议以及两份谅解备忘录，涉及的领域包括资讯科技、教育交流等各方面。两国又在2008年签订谅解备忘录，开始在国防领域合作；根据备忘录，两国军队将举行联合军训，并开展军事工业合作。两国海军也会阻止越南渔民越界前往马来西亚海域捕鱼，并控制海盗活动。
截至2018年，马来西亚是越南第六大贸易伙伴，也是越南在东盟的第二大贸易伙伴。越南是马来西亚第12大贸易伙伴，是马来西亚最主要的食米来源，也是马来西亚在东盟的第四大贸易伙伴。在2019年上半年，越方出口额达35.2亿美元，进口额达19.5亿美元。越南向马来西亚出口的商品包括电子产品、钢铁、玻璃、大米等。马来西亚和越南还在当年签署联合声明，建立经济战略伙伴关系，并签订谅解备忘录，建立联合巡逻机制、开设联络热线、在海上搜救、遏止海盗活动等领域进行合作。
在政治方面，马、越双方经常派代表团和高层互访。马来西亚guojiayuanshou端古·米詹·再纳·阿比丁（2009年）、苏丹端古·阿卜杜勒哈利姆（2013年），首相纳吉布·阿卜杜勒·拉扎克（2014年）、马哈蒂尔（2019年）等先后访问越南，越南国家zhuxi张晋创（2011年）、政府总理阮晋勇（2015年）等先后访问马来西亚。其中，阮晋勇在2015年8月访问马来西亚期间，代表越南和马来西亚签署联合声明，宣布建立战略伙伴关系框架。
同英国的关系
马曾是英国殖民地，后加入英联邦，并与英同为“五国联防安排”成员，双方关系密切。80年代初马收购英资企业导致两国关系趋于冷淡，后虽有所回升，但仍时有摩擦。1995至1996年间，前首相敦马哈蒂尔医生三度访英，两国关系有了较大改善。2005年3月，副首相兼国防部长纳吉布访英。9月，巴达维总理赴英国伦敦出席大马全球促销巡回发展会并发表演讲。2006年7月，副首相兼国防部长纳吉布访英。