“宝岛号”破虏级战列舰的加入，直接将整个南海舰队的实力提升了一个档次。
郑芝龙在卢象升的帮助下，对整个南海舰队进行了重组。
构建了以六艘铁甲舰为核心，辅以荷兰与西班牙三级风帆战列舰以及大明鸟船的战斗舰群。
彻底摒弃了原本的“小，多，杂”舰队发展模式，以“大,精，快”为主要的发展理念。
“大”就是以大船为主，不是不需要小型战船，而是要新开发速度更快，战斗更猛的“炮艇”。
新型舰队要进行彻底的改革，务必做到定职定岗，要建设一个专业化的舰队。
当然,以现有人员的水准,想要完成这一转变并不能完全做到。
所以朱由检的旨意之中,还有一条。
“在松江府成立皇明海洋军官大学，招收十六岁到十八岁的少年进行为期三年的舰船，海洋，测绘，数学等方面的知识学习，培养专业的人才。
初步招收学员名额是一万人，成功拿到毕业证，即刻获得一等中士军衔，成绩优异者，最高可由海军大学直接授予一等上士军衔。”
以水师为试点，在原有的大明武勋阶层制度之上，确立新的军衔制：
正一品上柱国，从一品柱国；正二品上护军，从二品，护军；正三品上轻车都尉，从三品轻车都尉；正四品上骑都尉，从四品骑都尉；正五品骁骑尉，从五品飞骑尉；正六品云骑尉,从六品武骑尉；正七品一等上士，从七品二等上士；正八品一等中士，从八品二等中士；正九品一等下士，从九品二等下士。
军官衔最低等为二等下士，从九品。
除了军官之外，士兵之中自上而下分为：上等列兵，一等列兵，二等列兵三级，刚入职的士兵就是二等列兵，表现平平，无军功晋升的，满五年可以自然升为二等列兵，十年为上等列兵。
部队里不可能所有人都能立下什么封侯拜将的军功，但在这战争不断的时期，就算是混，也不至于十年才能混到上等列兵的程度。
参加一场战役，分润的军功就足以晋升军衔了。
军衔制度颁布之后,即刻采用双俸禄制度，即按照该军官或者士兵所担任的职务发放一份工资,再按照他的军衔发放一份工资。
按照军衔所领的俸禄不享受季度福利累积，并且只有相应品级武官的一半。
这已经很不错了，相当于多发六个月的工资，大家算清楚之后，纷纷主动加入到南海水师舰队之中，想要成为一名水师官兵。
而皇明海洋军官大学的招生处更是人满为患，郑芝龙不得不派出了陆战营去维护松江府那边的秩序。
崇祯二年六月二十五号，郑芝龙以东南道军机大臣的名义，向澳门居住的葡萄牙人下达了驱逐令。
“责令非法居住在澳门地区的非大明户籍百姓在三日内离开澳门。现给出以下两个选择：其一，乘坐葡萄牙船只离开大明海域，回到欧罗巴或者其它非大明国土上定居；其二，乘坐大明战舰前往台岛，以外国移民的身份，接受当地安排，通过工作等方式获得外籍大明户口。
三日之后，南海舰队将对澳门非大明百姓进行武力驱逐，后果自负！”
西历1513年，葡萄牙船长豪尔赫·阿尔瓦雷斯抵达大明沿海，但直到20年后，葡萄牙的船只才获得明朝皇帝的许可，能够停泊在澳门附近的港口。
这个时候，葡萄牙商人和水手每晚必须返回船只休息，因为他们无法在明朝土地上建造任何建筑物。
西历1552年，明朝授权葡萄牙人在现在名为南湾的地区为其贸易商品建造仓库。
嘉靖时期，在西历1557年，葡萄牙获准在澳门建立贸易结算，葡萄牙人开始居住澳门。
此时，澳门仍然属于大明，并没有赠与葡萄牙人。
万历初年，河道官员受贿，使葡萄牙人居住澳门的事情，朝廷知道后。开始对葡萄牙人征收地租，每年约五百两白银。
由此可见，当时的澳门并未被葡萄牙人占领，其性质属于租用。
经过近45年的艰难谈判，葡萄牙人终于在大明的南方建立了真正的立足点。
葡萄牙人刚开始在澳门居住，只是在南湾沿海一带。
天启二年，大明朝廷进一步明确其居住范围。即从东望洋山顶灯塔西侧起，经水坑尾大炮台、白鸽巢、大三巴、营地大街、通天街、红窗门，直至西环竹仔室海滨。
万历四十二年，因为葡萄牙人勾结曾杀害官兵的倭人，当时的两广总督张鸣冈以此为理由，建言朝廷对居住在澳门的葡萄牙人进行有效的管理，遂被朝廷采纳。
香山知县蔡善，制定“治澳十则”，将葡萄牙人编户保甲，施行连坐，让其相互监督举报。
明朝时期的澳门其统治权和司法权，自始至终都掌握在朝廷手中。
在澳门居住的葡萄牙人违法犯罪是，由他们自己的官员负责抓捕审讯，然后移交大明官府进行处置。有罪行严重的罪犯会被带到广州明正典刑。
但是，之前的大明闭关锁国，对欧罗巴各国的政治文化缺乏了解。
并且，朝廷缺乏对侨民的管理认知，就造成葡萄牙人在澳门，擅自设立行政管理机构时，明朝无动于衷，并无任何反应。
这无疑会使葡萄牙人滋生更大的野心。
事实上，葡萄牙人一直致力于建设自己的政府组织。
早在明万历十一年，西历1583年的时候，澳门葡萄牙主教贾尼路就召集澳门葡萄牙人开会，选举6人，于翌年成立市政议会。
市政议会每3年改选一次。
而大明的地方政府授予澳门市政议会长官以“夷目”一职，做为中国官吏管理澳门的葡萄牙人。
明万历十四年的时候，葡属印度总督批准授予澳门“自治城市”的资格，由葡萄牙国王或葡属印度总督任命1名首席法官为官方负责人。
明万历四十四年的时候，葡萄牙任命第一位澳门总督卡拉斯科，不过他一直没有到任。
同一年，俗称三巴炮台的澳门大炮台建成。
明天启六年的时候，洛博出任葡萄牙管理澳门的第2任总督。
由于明朝廷无暇顾及，使得葡萄牙人已经在澳门建立起了文化，经济，军事，政治各方面体制和物质基础，相当一部分澳门汉人百姓选择拥护葡萄牙人。
朱由检不允许有这样的一块地区存在于大明的领土之内。