日本《八幡愚童训》记载：“六日至十三日，昼夜合战不休”。
元军从高丽合浦出兵至今，已在船上连续生活一个多月。盛夏的酷暑和生存环境的恶劣使得元军中开始蔓延传染病，已有两三千人病死。
在今津方面，企图登陆的元军也被驻防当地的萨摩、大隅等国的武士所阻止。
这时，同江南军的汇合期限将至，忻都等将领经过商议，决定撤回壹岐岛该岛是两路大军事先约定的会师地点。
虽然元军进展受阻，但是日军战败的流言却在日本内地流行开来。在京都，甚至传言“九州已经灭亡，不久就会攻打京都”。
东路大军在壹岐岛逗留一段时日之后，眼见与江南军约定的会合期限已过，该岛周围却仍然不见一只帆影。
忻都召集众将，进行了数轮磋商，寻求对策。
高丽籍大将洪荼丘认为形势不容乐观：“向约江南军与东路军六月望前会于壹岐。今南军不及期，我军先至，大战者数矣，船腐粮尽，将其奈何?”
此时，洪荼丘已生退意，只不过没有明说而已。但其他将领也拿不出好的主意，就连一向敢言的金方庆此时也不发一言。
十几天后，金方庆才说出了自己的明确意见：“我等奉旨备三月粮，今尚有一月之粮，不如先待江南军到，再合而攻之，必可破此岛夷”。
金方庆的建议遂成决议。东路军继续固守壹岐岛。
江南军本应在6月中旬前到达平户岛，与东路军会师，却迟迟不见踪影。
原来早在3月，就有日本船只顺风漂流至中国大陆，元朝方面令其水工画日本地图，并详细询问日本沿海地利，得知在太宰府西部附近有个名为平户的小岛，周围皆水，是一处天然的港口，且防备薄弱。
元朝征东行省得知这个消息后，便临时更改了作战计划，决定把东、南两军的会师地点改在平户岛。因为太宰府才是此次东征军所要攻占的战略要地，平户岛近水楼台，元军可绕过对马等岛屿，直接实施“越岛作战”。
忽必烈对这个改动方案表示认可。于是江南军方面便派出了一支六十艘船的先遣队赴日，意在向东路军通报作战方案变更之事。但是江南军先遣船队却因航道生疏，没有如期到达壹岐岛。
另外，事先安排元军总指挥阿剌罕与江南军同时出征，但阿剌罕却因年纪老迈而突然病故，忽必烈不得不临战易帅，临时任命阿塔海为两路军总指挥，以履行阿剌罕之职。阿塔海又不能立即达到宁波，于是范文虎在仓促之中于6月18日命令江南军起锚离港。
江南军在遭遇多端变故的情形下，于公元1281年6月底到达日本。该军之一部突破日军防线，进入壹岐岛。7月初，该军主力十余万人到达预定阵地平户岛。
7月上旬，固守在壹岐岛的东路军及江南军之一部开始向平户方向推进。南北两军终于完成汇合，能够参与作战的兵力共计十四万。
平户岛周围海域布满了遮天蔽日的元军旗帜。经过几日的整编，7月下旬，元军派出小股部队进行尝试性登陆，并于27日占领肥前鹰岛，将之作为前进基地。
与此同时，日军方面也开始调整兵力，多路援军驰援平户岛、鹰岛。
在这一次战争中，日军的战争动员和组织能力都有所提高，他们凭借有利地形构筑防御工事，并且奋勇作战，但是终究不能对元朝联合部队起到有效的阻击作用。并且江南十万大军还没有实质性参与到战争中来。众所周知，登陆战的关键在于抢滩，而非此后的陆战，一旦十四万大军在博多登陆，日军的抵抗力将被进一步削弱。
7月30日，元军原计划于该天启动全面进攻。但十多万元朝官兵都看到了这样奇怪的一幕：海上山影浮波，大鱼翻跃;并且能闻到浓浓的硫磺味。诸将领在商议之后撤销渡海登陆命令。
这是海上风暴来临的征兆。
面对如此光怪陆离的景象，元军将士陷入恐惧中，但由于蒙古籍统帅没有成熟的航海经验，也就没有采取果断措施应对，而江南军中的原水军士兵经历的水上战斗大多都是发生在内河即长江一带，元军中也有通晓天文海相的将领，其中江南军将领张禧在担心之余，果断率部弃舟登陆进驻平户岛，并且命令所部船只停泊距离要达到五十步之遥。
元军的悲剧就在这天夜里发生了。夜半，飓风四起，暴雨狂飙，巨浪如山倒。这场飓风一直持续到第二天。
部分元军船只顷刻间倾覆海底，其他船只经过飓风颠簸，或者因为泊位过近，在巨浪中相互撞击，或者因为本身就是内河船只，抗风暴能力差，电闪雷鸣之中，数千船只被巨型风浪撕开。溺死者不计其数，层层叠叠的尸体被海流带至港口。
范文虎，这位一直活动在长江流域的南宋降将，并无海上常识，他的船只同样被风暴撕毁，其本人侥幸抱得船板漂流海中，被部将张禧救起。
飓风过后，诸将紧急召开会议商讨对策，范文虎认为应该立即撤退，张禧劝阻说：“现在士卒已溺死大半，存活下来的都是经过风浪洗礼的壮士，何不乘其有不恋生死之心，在战斗中取粮于敌，以求绝地反击?”
张禧在风暴前的筹备工作中早已显示出了智谋，如今其置生死于度外敢打绝地反击战足见其勇武，不愧为一员优秀将领。
元军固然损失惨重，但是十四万大军真正在战争中被消耗的，查遍中国、朝鲜、日本三国史料，哪怕只是依赖日本一国史料(没有贬损日本之意，古往今来，对于战争中消灭敌人的数量，己方往往有夸大战果之嫌)，不过三千人左右。而在风暴之中遭难者即使占大半，幸存者最保守估计也有四五万人，这一数量比日本布置在整个太宰府的兵力还要多。
如果全军上下能够统驭有方，置之死地而后生，组织积极防御，即使对方以逸待劳，也绝不至于落得残军两三万人投降、多数枭首的悲惨命运。作为军人，死在战场上，也远远比投降后死在敌人的断头台上要幸运得多。况且，战争中充满变数，日本敢于以羸弱国力对抗威武大元，元军绝无道理在兵力并不占劣势的前提下就放弃战争主动权。
范文虎等人彻底丧失了继续战争的信心。他表示立即罢兵，各部自行突围，如果归朝之后元世祖问罪，由他一人负责。
张禧无奈，只好借船给范文虎，面对平户岛上四千余名兵卒无船可乘，范文虎打算弃之不管。张禧不忍，将船上的七十五匹战马以及所有辎重抛入海中，带领平户岛上四千军士撤退。
高级统帅的放弃，把最后一点生存的可能变成毫无可能，甚至给其他幸存者带来了灭顶之灾。
剩下的元军残部虽然议推张百户为主帅，号之曰张总管，听其约束，多方努力试图伐木造舟而还。本来只有百人统领权的张百户，只能将军令下达给近旁的士兵，根本无法有效指挥数万大军。
元军幸存者顿时群龙无首，军人面临随时降临的死亡威胁，这种情况下，只有两种可能性的选择，一种是拼死相搏，战至流光最后一滴血;一种是放弃抵抗，任人宰割。
很不幸，高级将领的逃亡造成指挥系统完全瘫痪，将他们中的至少一半人置入到后一种境地，而选择抵抗的一批官兵则在相互砍杀中结束了自己的生命。
数万残部没有一粒粮食，又经过一夜飓风颠簸，失去了作战的气力，一番抵抗之后，“尽死，余二三万为其虏去”。
这批战俘在一周之后被带到博多，其中的蒙古籍、高丽籍及中国北方各族出身的官兵即“汉人”悉数被斩首。
关于滞留下来的江南军的命运，各国史料可以说众说纷纭。
公元1281年，是为中国元朝至元十八年，日本弘安四年。所以该次战争又被日本称为“弘安之役”。
丧师辱国的范文虎回去后无法交代，于是撒谎告诉忽必烈：“赴日之后，本欲进攻太宰府，不料暴风突袭，集结残部组织战斗之际，万户厉德彪、招讨王国佐、水手总管陆文政等不听节制，仓皇逃逸，臣不得已收拾残军回到高丽，尔后就地遣散。”
元世祖对海洋也是陌生的，但他清楚海洋的脾气与草原和陆地肯定是不同的，在没有证据的情况下，只有相信范文虎的谎言。
一年之后，即公元1282年，在日本沦为奴隶的一名江南军士兵历经劫难逃脱回国，向元世祖忽必烈说出了风暴之后的实情：“诸将各择坚好船乘之，弃军士十余万人于山下”。不久，又有两名士兵也逃回国内，所述与前者相差无几。
元世祖忽必烈震怒，下令将范文虎等征东诸将治罪，独赦张禧。
元朝对日本的两次征讨，也促使“神风”一词的产生。
“神风”一词最早在《日本书纪》的垂仁纪中出现。1274年和1281年，元军两次攻打日本，都因为遭遇海上风暴而造成重大伤亡，被迫撤退。当时禅宗流行，根据迷信的说法，日本人认为是“神”制造了这些风暴，将外来入侵者毁灭。“神风”一词便用于指这两场风暴。
日本神道牧师以及众多日本人都相信是他们的祈祷带来了这两次幸运的风暴。
为了纪念保护过他们的神，日本人把风暴称为“kamikaze”，通常译为英文“the divine wind（神圣之风）”。
但史学家彼得·梅特韦利斯在《亚洲民间传说研究》杂志上发表的文章认为，这个译法没有抓住日文表达的全部含义，“这种译法错误地暗示风是神灵的一种工具，而实际上日文包含‘风就是神’这个概念。”梅特韦利斯建议把“kamikaze”译为“deity wind（神风）”。
神风对日本的历史产生了深远的影响。他们的好运极大地提升了民族自豪感。依靠沿海的石墙，日本自我防御，与亚洲的其他国家保持了相对独立。
具有讽刺意味的是，许多史学家认为日本人的这次胜利反而导致了政府的崩溃。
通常，武士会因为在战场上的英勇表现而受到赏赐，而奖品就是战争中掠夺来的战利品。佛教徒和神道牧师认为正是因为他们的祈祷才取得了胜利，因此对没有获得奖赏耿耿于怀，从而引起日本内部长达两个世纪的政治动乱。