在都督府与御马监已经待了三年半了，内廷能升的官职已经到顶了，至于去司礼监或其它监，他曹化淳还不如继续选择待在御马监，不仅权利丝毫不输于司礼监，在皇爷心中的分量反而高于司礼监，孰高孰低，他自然看得明白。
若在御马监呆腻了，可以向皇爷申请去出镇一方，担任某场大型战事的总监军，有了足够的战功便能青史留名。
此外，他还记得皇爷跟他说的要他像三宝太监一样驰骋大海、经略海外万邦，想想就让人心驰神往。
军议结束后的第二天，方从哲一封乞骸骨的致仕疏通过通正司送到了司礼监，这下子彻底引爆了大明官场，只有知道内幕的李长庚与徐光启两人尚能稳坐钓鱼台。
对于方从哲的突然致仕，什么样的猜测都有，有两次会议中与皇帝意见相左的，也有被皇帝劝退的，还有什么把柄被李长庚与徐光启两人抓住了，当然也有病老致仕的猜测，但人数却不多。
对于各种官员主动前来询问原因与流言蜚语，方从哲皆以淡然的微笑面对。
对于大明与他有大功的方从哲，朱由校自然要让方从哲体面地致仕，在收到致仕的题本后，直接批复了“不准”两字，并让司礼监立刻送回内阁方从哲的手上。
对于刘时敏亲自送来的驳回题本与温言相劝，方从哲皆是淡然应对。
过了两天后的二月初八，当致仕风波稍微有点回落后，方从哲再次递上了新的致仕题本。
跟上次不一样的是，朱由校除了“不准”两字外，还写了不少的挽留词句，在刘时敏送回题本的时候，还让他来了一趟东暖阁，告诉其他官员自己对方从哲的看重与不舍。
再过两天，就是吏部主持的廷推，此次廷推的官员除了户部与税部的堂官外，还有刑部尚书与左侍郎、兵部右侍郎、工部左侍郎、礼部右侍郎、太仆寺卿。
朱由校本来将部分官员放到三月更换的，但想着反正时间隔的很近，干脆一起廷推了，也给新旧官员交接多留一点时间。
本来没有礼部右侍郎的空缺的，但突然一封来自湖广蔡复一的乞骸骨致仕疏，不得不重新任命新的湖广巡抚。朱由校经过一番权衡后，选择了万历三十五年的状元广东籍官员礼部右侍郎兼国子监祭酒黄士俊，将其下放到
了湖广历练。
在皇极门内进行了整整一个上午的介绍与投票，朱由校根据投票的结果，直接从中挑选了自认为合适的官员。
毕自严不再兼任户部尚书，户部尚书由原户部左侍郎毕懋良接任，而毕懋良的户部左侍郎由李长庚坚持不懈举荐的河南左布政使杨鹤接任，原先的右侍郎周应秋被朱由校调到了工部担任左侍郎，而周应秋的右侍郎则被辽东右布政侯执蒲接任。
税部的尚书朱由校选择了在盐政变革中表现出色的户部右侍郎袁世振，左侍郎选择了江东布政使王绍微，右侍郎则是将下放辽东历练了三年半的金山左参政杨一鹏给调了回来，而他留下的左参政由孙传庭接任，右参政则是白城知州马士英兼任。
汪应蛟即将致仕的刑部尚书由方从哲力荐的原刑部左侍郎闵洪学接任，左侍郎则是由宣大巡抚赵秉忠接任，而右侍郎依然还是陈子壮。
兵部右侍郎的人选，朱由校还是选择了方从哲举荐的大宁行都司左参政来斯行，而来斯行留下的左参政则由陈奇瑜接任，右参政朱由校再次直接干拔了营州知州卢象升。
卢象升凭此跟马士英一样连跳六级，从正六品的知州升到了正三品的行都司右参政，当然，两人的主职还是继续负责营州与白城。
礼部右侍郎在黄士俊下放湖广历练后，他的位置朱由校力排众议，最终选择了被东林党攻讦后，不得不致仕归家多年的万历三十八年状元浙江湖州人韩敬，而且他跟黄士俊一样，也兼任着国子监祭酒。
朱由校之所以如此安排，就是看中了他与东林党的深仇大恨，从而避免东林党残余势力借助国子监这个储备官员平台，再次死灰复燃。
萧近高致仕后留下的太仆寺卿，朱由校选择了太仆寺少卿张至发，过去两年马政与马场管理得让朱由校比较满意，便选择了太仆寺少卿张至发接任。
朱由校这次的官员选择，以浙党、楚党与齐党的官员为主。
其中浙党有刑部尚书闵洪学、兵部右侍郎来斯行与礼部右侍郎韩敬，楚党的官员主要集中在户部与税部，有户部左侍郎杨鹤、税部尚书袁世振与右侍郎杨一鹏。
其中户部尚书毕懋良虽然被朱由校留在了户部，但因年龄偏大也留不了几年，加上他多年的户部工作经验，朱由校最终了留下了他。
而齐党的山东籍官员，则有刑部左侍郎赵秉忠与太仆寺卿张至发。
在二月初十廷推结束后的第三天，方从哲再次以病重的原由乞骸骨，这次朱由校准了，保留了方从哲太傅兼中级殿大学士官职称呼，同时还给了正一品的特进荣禄大夫文散阶，硬邦邦的正一品，而且三公还是仅次于太师的太傅，太师是准备在他死后追赠的。
所以，朱由校算是给了方从哲文官在世时最体面的致仕，而且在二月十五这天，朱由校还单独在琼华宫为他设宴饯行，此外，还让司礼监掌印刘时敏代表他跟其他文官一道为他饯别。
在百官为方从哲举行饯别后，内阁大学士也迎来了新的调整，原皇帝公开召毕自严与袁可立入阁的消息并没有发生意外，两人跟现在的孙承宗一样，都是少保兼东阁大学士。
至于原先两位在京城的内阁大学士，徐光启仍然是少保兼文渊阁大学士，而李长庚则是少傅兼建极殿大学士，意味着他成了继方从哲之后，隆武朝的第二任内阁首辅。