经过反复权衡利弊后，飞船最终做出了一个重大决策：举飞船上的剩余文明之力派遣一支强大的部队进入地球，目标明确——消灭哥斯拉！这个消息迅速传遍整个飞船，引起了广泛关注。就在这时，在人类下定决心要消灭的行星哥斯拉周围，出现了一群神秘的家伙。
这些家伙们看起来像是蜻蜓，但却拥有与人类体型相当的庞大身躯。它们的外貌狰狞可怖，全身覆盖着坚硬且长满尖刺的甲壳，尾巴末端还有一根锋利无比的尖刺，可以轻易地刺穿并吸收生物体内的能量。这使得它们成为了一种极具威胁性的存在。
没错，这些小家伙是洛亚派遣出来的眼线，它们也不是蜻蜓而是蜻蜓的祖先——翔龙。洛亚从太空哥斯拉所在的平行宇宙出来后，为了获取足够听话的手下效力就进入了翔龙的平行宇宙。翔龙是一种远古生物，也是现代蜻蜓的祖先。这个平行宇宙的人类为了消灭本宇宙的哥斯拉（后文叫二号哥斯拉），研发出了黑洞炸弹，测试时不慎开启了一个通往远古时代的时空隧道，致使一只已经灭绝的远古翔龙来到现代世界。
远古翔龙通过时空隧道来到现代世界后先是产下一个超翔龙卵和许多伴生翔龙卵，接着就回到了远古时代召唤同伴降临现代时空，结果时空隧道关闭，超翔龙卵和伴生的翔龙卵也就留在了现代孵化，最终翔龙们吸收了二号哥斯拉的能量，让超翔龙成长为完全体大战哥斯拉。超翔龙飞行速度非常快，如果不是洛亚吞噬了太空哥斯拉后觉醒了得自尼德霍格的时间零，恐怕也会被超翔龙利用极快的飞行速度耍的团团转。
有洛亚对付超翔龙，超翔龙平行宇宙的人类自然没有犹豫的用黑洞炸弹消灭了二号哥斯拉。洛亚吞噬了超翔龙后提高了自己在大气层里的飞行速度，同时有了制造属于自己的翔龙的能力。洛亚可以得到这种能力，还要归功于翔龙种群的独特生存模式。
翔龙种族非常特殊，或许是远古时代的残酷生存环境。为了生存，翔龙不仅可以无性繁殖，还拥有个体即是种群的特性。首先翔龙种群会诞生一个最强的个体——超翔龙，整个翔龙种群会倾尽资源培养超翔龙。超翔龙的使命是维护繁衍种群，同时超翔龙可以命令种群里所有的翔龙。一个种群只能有一个超翔龙，如果一个种群诞生多个超翔龙，种群就会分裂成几个。任何翔龙都可以产下超翔龙卵和翔龙卵，超翔龙只能产下翔龙卵，就算产下超翔龙卵也是不能孵化的。
超翔龙作为翔龙种群中的特殊存在，其生命力之顽强令人惊叹不已。只要一只超翔龙不死，即便整个种群的翔龙都已灭绝，它仍可通过繁殖重新恢复种群规模。相反，如果种群中的超翔龙不幸死亡，那么只要还有其他翔龙存活，新的超翔龙便有可能诞生。这一独特的生存模式使得翔龙种群在面临各种危机时具有强大的适应能力，并确保了种群的生存与延续。
洛亚成功吞噬超翔龙后，获得了制造翔龙群的能力。然而，他并未直接创造出原始的翔龙群，而是选择了一种更为巧妙的方式——将最猛胜、穆托等拥有明确种群等级制度且高级个体能够驱使低级个体的类虫种族基因融入其中，从而创造出一支可供自己驱使的改造翔龙群。
洛亚所派遣出来的翔龙群分为多个部分：一部分负责监视那只游荡的行星哥斯拉；另一部分则四处抓捕各种生物获取样本；而剩下的部分则分散开来，寻找飞船派遣出来消灭行星哥斯拉的部队的踪迹。
很快翔龙们就找到了人类的部队，但却没有暴露，而是隐秘的观察。降落地球的人类部队分兵行动，一部分去考察地球环境，另一部分建立了营地。翔龙兵分两路，分别跟踪观察两支队伍。
在考察地球环境的队伍里有一个带着镣铐的人，通过翔龙的眼睛，洛亚回想起了他的身份，晴生。因为反对高层用登陆艇驱逐老年人节省资源而挟持登陆艇失败后被捕。同时，也是发表然后击败行星哥斯拉的分析报告的人。还是艾克西夫人选定的召唤虚空基多拉的祭品。
晴生所在的考察队伍开始对周围的环境进行深入研究和分析。他们仔细观察着周围的植物，发现它们的物理性质非常奇特，类似于金属，而且还源源不断地释放出强烈的电磁辐射。这种情况让大家意识到，现在的生态环境与以前地球生态环境大相径庭，根本不适合人类居住。然而，就在这时，他们有了一个惊人的发现——人类建筑的遗迹竟然被地衣化石保留了下来！这一发现令所有人都震惊不已。
晴生激动得跪地痛哭流涕，他感激涕零，因为他知道，即使人类已经离开了地球，但地球并没有忘记他们。接下来，考察队伍决定对地衣化石进行碳十四检测，以确定地球时间的流逝。经过一番努力，他们成功地得出了结论：根据检测结果，可以准确地推断出地球时间已经过去了两万年，误差在五十年左右。这个消息让大家陷入了沉思，思考着人类离开地球后的漫长岁月里，地球上发生了怎样的变化。
在环境考察队伍收获不小时，营地却遭到了来自地球的猛兽袭击。一群无比凶猛、类似已灭绝恐龙的黑色大型蜥蜴从树林里冲出，袭击了人类的营地。尽管人类及时组织火力反击并击退击杀了不少猛兽，但由于猝不及防，仍然遭受了严重的损失。
袭击营地的这些蜥蜴身长十米左右，脖子瘦长，身体坚硬如铁，人类的武器难以破防，好不容易才集火击杀了几只其他蜥蜴见势不妙就逃跑了。营地的幸存人员于是给这种蜥蜴命名黑铁龙蜥。当环境考察队伍归来时，得知了营地被袭击，于是立刻开始对黑铁龙蜥进行研究，然而黑铁龙蜥身体组织和植物组织的对比与研究给了人类一个沉重的打击。原来，无论是动物还是植物，都具有明显的行星哥斯拉特征，而空气中的电子干扰迷雾实际上正是植物花粉！这一发现让人们意识到，他们所面临的挑战比想象中的更为严峻。
负责分析的博士得出结论：“看来两万年的时间，已经在地球上构建了一个以哥斯拉为顶点，为哥斯拉服务的全新生态系统。”
指挥官看着眼前的景象，心中充满了绝望和无奈。他转身对着晴生说道：“我们走吧，这颗星球已经被彻底摧毁了。”
然而，晴生却坚定地摇了摇头，他大声反驳道：“不！我们不能就这样放弃！”
指挥官愤怒地咆哮起来：“这里还有什么值得留恋的？地球的空气充满剧毒，野兽变得无比凶猛，这里唯一比太空好的地方只有拥有重力而已。根本不值得花费人力物力去夺回。”
晴生擦干眼泪，眼神中闪烁着坚定的光芒。他紧紧握着拳头，声音中带着无尽的悲伤与决心：“但这是我们的家园！我们不能就这样抛弃它！我们要为了那些死去的人而战斗！为了未来的希望而努力！”