经过一番艰苦的战斗和紧张的代码清理，基地暂时恢复了平静。但卡洛斯和队员们丝毫不敢懈怠，他们深知那神秘病毒的狡猾与危险。
在接下来的日子里，艾丽西亚带领着技术团队没日没夜地对基地系统进行全面杀毒和修复，同时加强了安全防护措施，建立起多层防火墙和病毒监测机制，试图防止病毒再次入侵。
然而，好景不长。一天，基地的警报再次毫无预兆地拉响。这一次，情况比上次更加危急。监控画面显示，基地外的天空中出现了一大片乌云般的不明飞行物，正朝着基地快速飞来。这些飞行物形状各异，散发着诡异的光芒，明显带着恶意的气息。
卡洛斯迅速组织队员们进入战斗状态，“大家提高警惕，这可能是病毒带来的新一波攻击！”他大声喊道，眼神中透露出坚定与决绝。
随着不明飞行物逐渐靠近，队员们看清了它们的真面目。原来是一群被病毒完全控制的机械飞鸟和飞行机械兽，它们张牙舞爪，口中喷射出一道道能量光束，对基地的防御设施展开了猛烈的轰炸。
基地的护盾在这波攻击下开始摇摇欲坠，部分区域已经出现了破损。卡洛斯当机立断，命令队员们分散开来，使用高射武器对空中的敌人进行反击，同时启动基地的备用防御系统，试图增强护盾的强度。
在激烈的交火中，队员们发现这些机械飞鸟和飞行机械兽似乎受到了某种统一的指挥，它们的攻击配合默契，不断地寻找着基地防御的薄弱点进行突破。而且，它们身上携带的病毒似乎具有更强的传染性，如果被它们击中，基地内的设备和机器人很可能会再次被感染。
为了应对这一情况，艾丽西亚迅速调整了基地的防御策略。她通过操控基地的电磁干扰系统，试图干扰这些飞行物的指挥信号，让它们陷入混乱。这一举措取得了一定的效果，部分飞行物开始失去方向，攻击变得无序起来。
卡洛斯抓住这个机会，带领队员们发起了一次猛烈的反击。他们集中火力攻击那些较大型的飞行机械兽，试图打破它们的攻击阵型。经过一番苦战，终于成功击落了几只飞行机械兽，暂时缓解了基地的压力。
但危机并未解除，更多的飞行物源源不断地从远处飞来，仿佛无穷无尽。队员们的弹药逐渐减少，体力也开始透支，但他们依然顽强地坚守着阵地，与这些来自空中的敌人展开殊死搏斗。他们知道，一旦基地被攻破，不仅他们自身性命难保，还可能会引发一场更大范围的灾难，整个世界都将面临灭顶之灾。
就在队员们感到力不从心之时，基地内的一些居民自发组织起来，为前线的队员们运送弹药和医疗物资，给予了他们精神和物质上的支持。这让队员们重新燃起了斗志，他们利用地形优势，设置了更多的防御据点，相互配合，形成交叉火力网，尽可能地拖住敌人的进攻步伐。
然而，敌人的攻击一波接着一波，局势依然十分危急。艾丽西亚意识到，单纯的防御无法彻底解决问题，必须主动出击寻找破解之法。于是，她冒险离开基地的主控室，深入到基地的技术研发区域，试图寻找一种能够干扰这些飞行物能量源的新技术。在争分夺秒的研究中，她终于发现了一种频率波段，有可能对敌人的能量系统造成干扰……