神秘组织被铲除，首领伏诛，盛启王朝看似恢复了平静，夜凌轩和苏瑶也终于能松一口气。然而，这场风波带来的余波却并未完全消散。
朝堂之上，虽然那些曾与神秘组织勾结的大臣已被惩处，但仍有一些官员人心惶惶，担心自己会受到牵连。他们在朝堂上变得小心翼翼，生怕说错一句话就会引来灾祸。夜凌轩看出了大臣们的心思，在一次朝会上，他神色严肃地说道：“诸位爱卿，如今神秘组织已灭，朕意在安抚人心，既往不咎。只要你们今后忠心为国，各司其职，朕定不会为难你们。”
大臣们听了夜凌轩的话，心中的石头落了地，纷纷跪地谢恩。然而，就在这时，一位大臣站了出来，“皇上，神秘组织虽已覆灭，但其残余势力仍有可能在暗处活动，我们不可掉以轻心。”夜凌轩微微点头，“爱卿所言极是，朕已下令加强戒备，彻查余孽。”
苏瑶在后宫中也没有闲着。她深知，后宫是一个复杂的地方，神秘组织的影响或许还在。她开始重新整顿后宫的秩序，加强对宫女和太监的管理，同时安抚那些曾受争斗影响的妃子们。
有一位名叫梅妃的妃子，在之前的争斗中被兰妃陷害，差点丢了性命。苏瑶亲自前往梅妃的寝宫，安慰她道：“梅妃妹妹，过去的事就让它过去吧，如今一切都已平息，你且安心养着。若有什么委屈，尽可与本宫说。”梅妃感动得热泪盈眶，“多谢皇后娘娘，娘娘如此厚爱，臣妾定当铭记在心。”
就在夜凌轩和苏瑶以为一切都在向好的方向发展时，一个噩耗传来。苏瑶的娘家丞相府，被人举报暗中圈占民田，欺压百姓。夜凌轩看到奏折后，脸色变得十分难看。苏瑶得知此事后，也是震惊不已，“皇上，臣妾的父亲向来正直，此事定有蹊跷，还望皇上彻查。”
夜凌轩看着苏瑶，眼神中充满了复杂的情感，“瑶儿，朕也希望这是误会，但此事关乎百姓民生，朕不能不查。”于是，夜凌轩派了一位清正廉洁的大臣前去丞相府调查。
在调查的过程中，各种证据不断被挖出，似乎都指向丞相府确实存在圈占民田、欺压百姓的行为。苏瑶心急如焚，她不相信自己的父亲会做出这样的事。她决定亲自回丞相府一趟，查明真相。
苏瑶回到丞相府后，看到府中的下人都战战兢兢的，心中更加疑惑。她找到了自己的贴身丫鬟，询问情况。丫鬟哭着说道：“小姐，老爷被人陷害了，那些证据都是有人故意伪造的。”苏瑶听后，心中一紧，“你快说，到底是怎么回事？”
丫鬟告诉苏瑶，原来在神秘组织被铲除后，一些与神秘组织有牵连的势力想要报复夜凌轩和苏瑶，便将主意打到了丞相府的头上。他们买通了丞相府的一些下人，伪造了圈占民田的契约和欺压百姓的记录。
苏瑶得知真相后，心中大怒，“这些贼子，竟敢如此陷害我父亲。我定不会放过他们！”她开始暗中调查那些幕后黑手，同时收集证据，准备为父亲洗刷冤屈。
夜凌轩这边，收到调查大臣的汇报后，心中也有些动摇。他看着手中的证据，不知道该如何是好。一方面，他相信苏瑶的为人，也相信丞相的忠诚；另一方面，这些证据又摆在眼前，让他不得不慎重对待。
就在夜凌轩陷入两难之际，苏瑶求见。她将自己调查到的真相一五一十地告诉了夜凌轩，并呈上了自己收集的证据。夜凌轩看着苏瑶，心中满是愧疚，“瑶儿，是朕错怪了丞相，朕这就派人彻查那些陷害丞相府的人，还丞相一个清白。”
经过一番调查，那些幕后黑手被一一揪出。原来，他们是一些被神秘组织收买的地痞流氓和心怀不轨的商人，他们企图通过陷害丞相府，来扰乱朝纲，为自己谋取利益。夜凌轩得知真相后，龙颜大怒，下令将这些人全部严惩。
丞相府的冤屈得以洗刷，苏瑶心中的一块大石头也落了地。然而，这件事让她和夜凌轩之间产生了一些微妙的变化。夜凌轩因为自己差点错怪丞相府而感到愧疚，对苏瑶也更加小心翼翼。而苏瑶则因为夜凌轩一开始的怀疑，心中有些委屈。
一日，苏瑶在御花园中散步，夜凌轩悄悄走到她身后，“瑶儿，朕知道之前的事让你受委屈了，朕向你道歉。”苏瑶看着夜凌轩，眼中闪过一丝泪光，“皇上，臣妾知道您也是为了国家，只是……只是臣妾希望您能多相信臣妾一些。”
夜凌轩紧紧握住苏瑶的手，“瑶儿，朕以后一定不会再让你受这样的委屈。无论发生什么事，朕都会和你站在一起。”苏瑶点了点头，靠在夜凌轩的怀里。
然而，就在他们以为一切都已结束的时候，边境又传来了紧急军情。邻国的军队在边境集结，似乎有进犯的迹象。夜凌轩和苏瑶刚刚放下的心，又提了起来。他们知道，新的挑战又来临了，而他们必须再次携手，保卫这个国家。