在经历了神秘空间之事后，接班人继续密切关注着宇宙基因安全状况。一日，基因感知网络提示，多个星系的基因能量出现莫名衰减。接班人怀疑是之前遇到的黑暗势力所为。他率领小队朝着能量衰减最为严重的星系赶去。
抵达后，他们发现这里的星球变得灰暗死寂。在一颗星球上，他们找到了一个巨大的地下基地。进入基地内部，到处都是黑暗能量的痕迹。原来黑暗势力在此抽取星球的基因能量，试图制造出可以突破之前所设保护锁的工具。
接班人带领队员们与黑暗势力展开激战。他们巧妙地利用环境，逐个击破黑暗势力的防御工事。在战斗最关键的时候，接班人领悟到一种新的基因技能，他将自己的基因能量转化为净化之力，驱散黑暗能量。
经过艰苦卓绝的战斗，他们成功捣毁了基地，阻止了黑暗势力的阴谋。但接班人清楚，黑暗势力不会就此罢休。他带着小队返回学院，开始研究针对黑暗势力的长效防御策略，时刻准备着应对下一轮的挑战，继续坚定地守护宇宙基因安全。
接班人在学院中日夜钻研，终于想出一套基于基因伪装和陷阱诱导的防御策略。就在他们部署策略之际，基因感知网络再次传来警报。这次警报显示，在宇宙中心的一片神秘星云中，出现大规模基因风暴。这股风暴正以前所未有的速度席卷周边星系，所到之处基因紊乱不堪。
接班人率队紧急奔赴星云。到达后，他们发现这并非自然形成的风暴，而是黑暗势力利用一种禁忌的基因武器引发的。这种武器能强行打乱基因序列，造成巨大破坏。
接班人冷静指挥，队员们按照事先演练的新策略行动。他们先放出基因伪装体吸引风暴中心的注意，再悄悄在周围布下基因能量陷阱。当风暴中心靠近陷阱时，众人一起发力，引爆陷阱产生的反向基因能量波与风暴对冲。
经过一场惊心动魄的较量，基因风暴逐渐平息。接班人深知黑暗势力越发不择手段，他决定主动出击，寻找黑暗势力老巢，彻底消除这个宇宙基因安全的最大威胁。于是，他带领小队踏上新征程，消失在茫茫宇宙深处。
接班人带领小队在宇宙中穿梭许久，通过基因感知网络捕捉到的蛛丝马迹，终于追踪到一个被黑暗气息笼罩的星球。这星球周围布满了危险的基因禁制，稍一触碰便会引发强力攻击。
他们小心翼翼地突破禁制，潜入星球内部。发现黑暗势力在这里建造了一座巨大的基因改造工厂，无数生物被囚禁于此，遭受残忍的基因改造实验。
接班人愤怒不已，当即指挥队员发动进攻。然而黑暗势力早有防备，派出众多基因变异战士迎战。这些战士身形诡异，拥有多种恐怖的基因能力。
双方激战正酣时，接班人发现工厂的核心处有一台巨大的基因控制仪，所有的黑暗计划都是通过它来操控的。他不顾危险冲向控制仪，途中队员们拼尽全力为他抵挡攻击。