在宇宙边际，有神秘的辉耀灵界，弥漫着辉耀灵蕴，这种能量以光粒形态存在，能治愈万物、赋予新生。其空间层叠错落且灵动变幻，时间可回溯流转、加速跃迁。长期以来，辉耀灵界被辉耀晶幕守护，与外界隔绝。
一支科研舰队在宇宙边缘探索时率先发现异常。他们飞船上的辉耀灵蕴探测器靠近辉耀灵界时发出警报，原来辉耀晶幕震荡，释放出辉耀灵爆。灵爆超高速辐射扩散，过度滋养物质，使分子结构活跃，导致星球生态紊乱，植物疯长，星际能量通道能量倒灌，众多文明陷入混乱。
蓝星宇宙灵蕴研究机构收到信号，判断这是关乎宇宙生机稳定的重大危机。九儿和青年凭借丰富经验、对灵蕴的理解和敏锐洞察力，再次受命调查。青年看着监测屏幕，兴奋又紧张：“妈妈，这次异动可能革新我们对宇宙生命与能量关系的认知，是机遇也是挑战。”九儿面色凝重，点头说：“这股力量影响极大，宇宙生机平衡危险，我们要竭尽全力。”
蓝星科研团队日夜改装出辉耀探索者号飞船。飞船配备辉耀灵蕴共鸣引擎和超维导航系统，前者调节能量与辉耀灵界共鸣，抵御干扰；后者基于量子和多维定位技术，保障航行安全。靠近辉耀灵界时，空间被无形力量塑造，光线奇幻，仪器报警，青年操控飞船，用频谱分析仪监测灵爆。
历经艰难，他们进入核心区域，看到一座宏伟的辉耀灵塔矗立在辉耀灵蕴海洋中央。灵塔由神秘灵晶建造，符文闪烁，周围辉耀灵环旋转，散发紊乱波动。灵塔发出精神波动：“我承载宇宙初始生机法则，现被暗影秽域的秽暗侵蚀者觊觎，他们想打破平衡，带来死寂腐朽。”九儿回应：“我们来阻止邪恶，请问如何帮忙？”
灵塔表示要集齐星辰辉耀之杖、命运辉耀残章和辉耀平衡宝玉。星辰辉耀之杖能净化辉耀灵蕴、唤醒守护意志；命运辉耀残章可助在混乱命运轨迹中找关键节点；辉耀平衡宝玉掌控灵蕴平衡法则，是恢复生机秩序的关键。
九儿和青年立刻出发。在星耀幻域，他们被强大辉耀之力笼罩，一番搜寻后在星辰碎片祭台找到星辰辉耀之杖，用共振装置解除护盾拿到。
命运辉耀残章在命运辉耀迷渊，这里命运辉耀脉络交织，遍布吞噬一切的漩涡。他们多次遇险，最终在最深处找到残章。
辉耀平衡宝玉在辉耀失衡炼狱，这里辉耀灵蕴失衡引发风暴。他们与守护者沟通后，用调和装置调整能量，恢复平衡，拿到宝玉。
带着三件圣物回到辉耀灵塔，灵塔吸收后力量觉醒。秽暗侵蚀者派出秽暗暗影生物抢夺，这些生物有的像黑色秽暗晶体，能瞬间秽暗化物体，有的像暗影火焰，污染辉耀灵蕴。
九儿和青年与辉耀灵塔并肩战斗。青年操控飞船用脉冲炮攻击，秽暗暗影生物借混乱空间和紊乱灵蕴之力躲避。九儿持星辰辉耀之杖念咒，释放净化之光，让秽暗暗影生物行动迟缓。辉耀灵塔释放护盾并发射震荡波，与敌人碰撞引发爆炸。
战斗白热化时，青年发现秽暗暗影统领，驾驶飞船发射导弹，被其秽暗混沌屏障挡住。九儿借助灵塔之力，用星辰辉耀之杖发出净化光柱打破屏障。青年抓住机会，发射毁灭光束，贯穿统领核心将其消灭。
其他秽暗暗影生物大乱，九儿和青年乘胜追击，成功守护辉耀灵塔。灵塔称赞他们拯救了宇宙生机秩序，鼓励他们继续探索。
九儿和青年回到蓝星成为英雄，但他们明白宇宙奥秘无数，未来冒险之路漫长，将继续守护宇宙和平。