神秘星球的会议结束后，杨远航和他的伙伴们与神秘组织共同开启了宇宙和平重建的艰难历程。然而，看似平静的宇宙中，暗潮正悄然涌动。
杨远航带领着团队，穿梭于各个遭受战争创伤的星系，协助当地文明进行重建。他们帮助修复被摧毁的星球生态，建立新的能源供应系统，传授先进的科技知识。星耀依旧冲在最前面，凭借着强大的武力威慑，确保重建工作不受星际海盗和残余黑暗势力的骚扰。艾丽则运用水元素的神奇力量，净化被污染的星球环境，治愈受伤的生命。小棠发挥她的智慧，优化重建方案，使各项工作高效有序地进行。
在一次前往偏远星系的重建任务中，杨远航收到神秘组织的紧急通讯。神秘组织首领的声音带着几分凝重：“杨远航，我们监测到宇宙深处出现了一股异常强大的能量波动，初步判断和一种古老的宇宙武器有关。这武器一旦落入心怀不轨之人手中，宇宙和平将再次面临巨大威胁。你们立刻前往调查！”杨远航心中一紧，深知事态严重，果断调整行程，率领团队朝着宇宙深处进发。
当他们抵达能量波动的源头时，发现这里是一个被废弃的古老星际基地。基地周围弥漫着诡异的能量雾气，其中蕴含着强大的腐蚀性力量。杨远航等人穿上特制的防护装备，小心翼翼地进入基地。刚踏入基地，星耀就敏锐地察觉到了危险。“小心，有埋伏！”他大喊一声，迅速抽出能量剑，摆出防御姿势。
话音刚落，一群机械卫兵从四面八方涌了出来。这些卫兵身形巨大，周身闪烁着幽蓝的能量光弧，手中的武器发射出致命的激光束。杨远航等人迅速分散，各自施展能力应对。杨远航激发体内的神秘力量，与激光束碰撞，溅起耀眼的火花。艾丽操控水元素，在众人周围形成一道防护屏障，挡住了部分攻击。小棠则躲在后方，利用随身携带的便携式电脑，试图入侵卫兵的控制系统。
战斗正酣，杨远航突然发现这些机械卫兵的攻击模式似乎受到某种远程控制。他顺着能量波动的方向望去，发现基地的一座高塔顶端有一个闪烁着光芒的控制装置。“星耀，你和艾丽牵制住这些卫兵，我去摧毁那个控制装置！”杨远航大喊道。星耀点头，挥舞着能量剑，冲向卫兵群，为杨远航开辟道路。
杨远航施展瞬移能力，快速接近高塔。就在他即将抵达塔顶时，一个黑影从塔内飞出，拦住了他的去路。这个黑影身形飘忽，看不清面容，周身散发着与黑暗势力截然不同但同样危险的气息。“想摧毁控制装置？没那么容易！”黑影发出阴森的声音。
杨远航神色冷峻，毫不退缩：“不管你是谁，都别想阻止我维护宇宙和平！”说罢，他双手结印，神秘力量在掌心汇聚，形成一个能量球，朝着黑影射去。黑影身形一闪，轻松避开攻击，随后发动反击，一道黑色的能量波向杨远航袭来。杨远航连忙侧身躲避，能量波擦身而过，击中了高塔的一角，引发一阵剧烈的爆炸。
此时，小棠终于成功入侵了卫兵的控制系统。那些原本疯狂攻击的机械卫兵瞬间停止行动，纷纷倒地。星耀和艾丽趁机摆脱战斗，赶来支援杨远航。黑影见势不妙，想要逃跑。杨远航怎会放过他，他与星耀、艾丽联手，将黑影团团围住。
在三人强大的攻势下，黑影渐渐露出败势。最终，杨远航抓住时机，施展出全力一击，将黑影击飞出去。黑影撞在高塔上，化作一团烟雾消散不见。
解决了黑影，杨远航成功摧毁了控制装置。随着控制装置的毁灭，周围的能量雾气也逐渐消散。他们继续深入基地，终于找到了发出异常能量波动的源头——一个古老的宇宙引擎。这引擎正是那种能改变宇宙能量平衡的古老武器，它的能量核心闪烁着危险的光芒，似乎随时可能爆发。
正当杨远航等人思考如何妥善处理这台古老引擎时，神秘组织再次传来消息：黑暗势力的残余势力正在集结，企图抢夺这台引擎。一场新的危机，又一次摆在了杨远航和他的伙伴们面前……