宇宙恢复了暂时的和平，联军基地被胜利的狂欢所笼罩。五彩斑斓的光芒在夜空中闪烁，各个文明的成员们载歌载舞，欢庆这场来之不易的胜利。杨远航站在基地的最高处，俯瞰着热闹的场景，欣慰之情溢于言表。艾丽静静地走到他身边，两人的身影在星光下被拉得很长。
“远航，我们真的成功了。”艾丽的声音中带着一丝梦幻般的惊喜，她的眼睛里闪烁着喜悦的泪花。杨远航转过头，温柔地看着她，轻轻握住她的手：“是啊，这都多亏了每一个人的付出，尤其是你，艾丽。” 艾丽脸颊微微泛红，两人相视而笑，沉浸在这温馨的时刻。
然而，平静并未持续太久。小棠匆匆赶来，手中拿着一份检测报告，脸上的笑容瞬间消失，取而代之的是深深的忧虑。“远航，我们发现了一些不对劲的地方。” 杨远航和艾丽的表情立刻变得严肃起来，小棠继续说道：“在对黑暗势力舰队残骸的能量检测中，发现了一种未知的能量残留，这种能量正在以一种缓慢而稳定的速度扩散，似乎在等待某种触发。”
这个意外消息如同一盆冷水，浇灭了众人的喜悦。杨远航意识到，黑暗势力或许还留下了后手。他立刻召集星耀、神秘人等核心成员，在指挥中心召开紧急会议。会议室内气氛凝重，每个人的脸上都写满了担忧。
星耀一拳砸在桌子上，愤怒地说：“这些可恶的家伙，都已经失败了，还不肯罢休！” 神秘人闭上眼睛，试图通过与神秘装置的联系，感知这股未知能量的来源和目的，但一无所获。杨远航陷入沉思，他知道，这股未知能量就像一颗定时炸弹，随时可能引发新的危机。
杨远航决定带领一支精锐小队，前往黑暗势力舰队残骸所在地，进一步调查这股未知能量。他们登上一艘装备精良的探索战舰，向着宇宙深处进发。一路上，杨远航和队员们密切关注着能量探测器，随着距离残骸越来越近，探测器上的数值急剧上升。
当他们抵达残骸区域时，眼前的景象令人震惊。巨大的战舰残骸漂浮在宇宙中，散发着诡异的光芒，周围的空间似乎都被这股未知能量扭曲。杨远航等人小心翼翼地靠近，突然，残骸中涌出一群机械傀儡，这些傀儡与之前遇到的不同，它们的动作更加敏捷，攻击力也更强。
星耀立刻拔出能量剑，冲向机械傀儡：“来得正好，就让你们看看我们的厉害！” 队员们纷纷拿起武器，与机械傀儡展开激烈战斗。然而，机械傀儡源源不断地涌出，众人渐渐陷入了困境。就在这时，一直暗中关注着杨远航等人的神秘组织决定出手相助。这个神秘组织拥有先进的科技和强大的力量，他们早已察觉到黑暗势力留下的阴谋，一直在等待合适的时机。
神秘组织派出一艘隐形战舰，悄然靠近战场。战舰上发射出一种特殊的能量光束，瞬间摧毁了大量机械傀儡。杨远航等人惊讶地看着突然出现的援军，还没来得及反应，神秘组织的首领通过通讯器联系上了他们：“杨远航，我们是来帮助你们的，黑暗势力的阴谋远比你们想象的复杂。”
在神秘组织的帮助下，杨远航等人成功突破了机械傀儡的包围，来到了能量波动的核心区域。在这里，他们发现了一个隐藏在残骸深处的能量传输装置，正源源不断地将未知能量输送到宇宙的某个角落。杨远航意识到，必须尽快切断能量传输，否则后果不堪设想。
就在他们准备动手时，神秘星球上的黑暗势力余党察觉到了异常。他们启动了星球上的防御机制，一道强大的能量护盾瞬间展开，同时派出大量的星际战机，向着杨远航等人的位置飞来。一场新的危机悄然降临，杨远航等人能否成功切断能量传输，阻止黑暗势力的阴谋？宇宙的命运再次悬于一线？